對違法建筑的處理主要有罰款、限期拆除兩種方式，具體內容為：
　　(一)罰款
　　對于違法建設當事人所建的違法建筑可以采取改正措施消除對規劃實施的影響的，處建設工程造價5%以上10%以下的罰款。適用罰款的處罰方法，應明確以下幾個方面。
　　1、處以罰款的前提條件。《城鄉規劃法》規定的罰款的前提條件是“尚可采取改正措施消除對規劃實施的影響的”，具體到每一處違法建筑或每一個個案，對這句話的理解不同，會直接導致對違法當事人的處罰不同。這直接涉及到民生問題。因此，應該把握幾個原則：
　　一是要有“規劃”。
　　要談對規劃實施的影響，當然首先必須要有規劃，這里的“規劃”是指《城鄉規劃法》要求的總體規劃、詳細規劃等;沒有規劃，就談不上對規劃實施的影響，更談不上消除對規劃實施的影響;在有規劃這個問題上，要注重詳細規劃，因為詳細規劃規定得更為翔實具體，更容易掌握能否采取改正措施消除對規劃實施的影響。在規劃執法過程中遇到很多群眾在政府沒有確定的規劃開發區域內違法建房，雖然我們有城區總體規劃，但沒有詳細規劃，總體規劃規定得比較原則，因而在具體處罰時顯得很沒有說服力。
　　二是“規劃”要合法。
　　這里所說的“合法”，是指規劃的制定、修改等必須符合《城鄉規劃法》規定的實體要件和程序要件，二者缺一不可。實體要件是指法律規定的規劃的制定、修改所必須具備的內容以及遵循的原則等。程序要件是指法律規定的規劃的制定、修改所必經的法定程序。在一定程度上講，程序要件要比實體要件更為重要，因為人們往往更加注重實體而忽視程序。這里需要強調的是，制定、修改規劃的其他法定程序一般不會被忽略，最后一道公布程序卻易被忽視。《城鄉規劃法》第九條規定，“任何單位和個人都應當遵守經依法批準并公布的城鄉規劃，服從規劃管理”，這說明，未經公布的規劃是不合法的。因此，要在做好規劃制定、修改的同時，做好規劃的公布工作，這不僅是規劃合法性的要求，也是接受群眾監督、傾聽群眾呼聲的有效途徑。
　　三是正確把握“能否消除影響”這個關鍵。
　　認定通過改正措施后能否消除對規劃實施的影響，是正確實施行政處罰的關鍵。在有規劃和規劃合法的基礎上，要把握兩點：違法建筑違反了規劃的“硬性規定”(也可稱之為“強制性規定”)，它的存在使規劃的硬性規定不能得以順利實現，可認定為無法消除影響;違法建筑的存在使合法的規劃建設方案不能得以順利實施，可認定為無法消除影響。凡是不存在這兩種情況的違法建筑，一般可以認定為尚可采取改正措施消除對規劃實施的影響，給予罰款處罰。當然，每個違法建筑都有其特殊性，需具體問題具體分析。
　　2、罰款的數額。《城鄉規劃法》規定的罰款數額有兩個標準，一個是單獨適用罰款的數額標準(工程造價的5%到10%)，一個是并處罰款的數額標準(工程造價的10%以下)。
　　這里需要注意計算方式，是以工程總造價來計算，還是以違法部分的工程造價來計算。筆者認為，應以違法部分的工程造價來計算。因為適用法律有一個通用原則，就是“就低不就高，就輕不就重”，即在法律規定不明確、不具體的情況下，對違法當事人實施處罰，一般是就輕就低。
　　(二)限期拆除
　　違法建設當事人所建的違法建筑，無法采取改正措施消除對規劃實施的影響的，限期拆除。要正確適用限期拆除的處罰方式，應注意以下幾個方面。
　　1、限期拆除的前提條件。《城鄉規劃法》規定的限期拆除的前提條件是“無法采取改正措施消除影響的，限期拆除”。正確理解這句話，要掌握三個原則：要有規劃;規劃要合法;正確把握“能否消除影響”這個關鍵，能消除影響的可以處以罰款，不能消除影響的要限期拆除。關于這三個原則，前面已有說明，不再贅述。
　　2、限期拆除的執行。根據現行的法律規定，限期拆除的執行一般有兩種方式，即自行拆除和強制拆除，強制拆除又可分為司法強制和行政強制兩種。自行拆除,是指行政機關對當事人下達行政處罰決定后，當事人在規定的期限內，按照處罰決定確定的方式自行拆除違法建筑。強制拆除,是指行政機關對當事人下達行政處罰決定后，當事人拒絕履行限期拆除義務，而由行政機關或人民法院強行拆除。行政機關提出執行申請后由人民法院決定并組織強行拆除的，稱為司法強制;由行政機關決定并組織強行拆除的，稱為行政強制。
　　3、行政強制拆除。《城鄉規劃法》第六十八條明確規定了采取行政強制拆除措施必須具備的法定條件和必須遵守的法定程序。法定條件包括：行政機關作出責令停止建設或者限期拆除的決定;當事人不停止建設或者逾期不拆除違法建筑。法定程序是：“由縣級以上地方人民政府責成有關職能部門采取強制拆除措施”，這項規定比較原則。筆者認為，要執行好這條法律規定,應抓好三點：一是請示。由行政機關將作出限期拆除決定所依據的事實、證據、適用法律、處罰決定內容以及當事人拒不執行處罰決定的事實以書面形式上報縣級以上地方人民政府審批，必要時報送行政處罰案件卷。二是批復。縣級以上地方人民政府審查后認為有強制拆除必要的，以政府文件的形式批復，同意采取強制拆除措施。三是執行。職能部門依照縣級以上地方人民政府的批復組織強制拆除。在強制拆除前，應當張貼強制執行公告，公布行政處罰決定的內容和縣級以上地方人民政府批準強制執行的決定。
　　有兩點要強調：一是違法建筑強制拆除后不予補償;二是政府經審查同意后應當以書面形式予以批復。法律規定由縣級以上地方人民政府責成職能部門采取強制措施，在法律上，能夠代表政府行為的載體應該是政府文件。因此，在職能部門的請示文件上由政府領導簽署意見的做法似有不妥。