一、回遷房稅收問題
回遷房或拆遷安置房，是指按照城市危舊房改造的政策，將危改區內的私房或承租的公房拆除，然后按照回遷或安置的政策標準，被拆遷人回遷，取得改造后新建的房屋。具體來說，開發商發生房屋回遷業務應納稅種主要有以下幾種。
1.契稅。《契稅暫行條例》第一條規定，在中華人民共和國境內轉移土地、房屋權屬，承受的單位和個人為契稅的納稅人，應當依照本條例的規定繳納契稅。第八條規定，契稅的納稅義務發生時間，為納稅人簽訂土地、房屋權屬轉移合同的當天，或者納稅人取得其他具有土地、房屋權屬轉移合同性質憑證的當天。國家對房地產企業發生的房屋回遷業務并沒有規定相關的減免政策，因此，開發商在取得土地等不動產時，需要按全額計算契稅，不可以扣除回遷業務中相當于拆遷補償的部分。
2.營業稅。國家稅務總局《關于個人銷售拆遷補償住房征收營業稅問題的批復》(國稅函〔2007〕768號)規定，房地產開發公司對被拆遷戶實行房屋產權調換時，其實質是以不動產所有權為表現形式的經濟利益的交換。房地產開發公司將所擁有的不動產所有權轉移給了被拆遷戶，并獲得了相應的經濟利益，根據現行營業稅有關規定，應按“銷售不動產”稅目繳納營業稅。
開發商發生房屋回遷業務，開發商應在交付回遷房屋或被拆遷戶全部支付差價的時候繳納。如果不需要支付差價的，以成本價格作為計稅依據；如果有差價的，不需要支付部分按成本價格計稅，差價部分按實際計稅。
3.印花稅。《印花稅暫行條例施行細則》第五條規定，條例所說的產權轉移書據，是指單位和個人產權的買賣、繼承、贈與、交換、分割等所立的書據。房屋回遷合同，是指房地產開發公司對被拆遷戶實行房屋產權調換時，與被拆遷戶簽訂的按被拆遷人房屋原面積拆一還一給予同面積房屋回遷安置的合同，其實質是以不動產所有權為表現形式的經濟利益的交換，即特殊形式的房屋銷售合同。可見，房屋回遷合同屬于一種交換式的產權轉移書據。
另外，財政部、國家稅務總局《關于印花稅若干政策的通知》(財稅〔2006〕162號)第四條規定，對商品房銷售合同按照產權轉移書據征收印花稅。
因此，房屋回遷合同需要按照產權轉移書據繳納印花稅。
4.土地增值稅。《土地增值稅暫行條例》第八條規定，因國家建設需要依法征用、收回的房地產免征土地增值稅。《土地增值稅實施細則》第十一條規定，條例第八條(二)項所稱的因國家建設需要依法征用、收回的房地產，是指因城市實施規劃、國家建設的需要而被政府批準征用的房產或收回的土地使用權。因城市實施規劃、國家建設的需要而搬遷，由納稅人自行轉讓原地產的，比照本規定免征土地增值稅。
可見，開發商發生的房屋回遷業務不屬于免征土地增值稅的情形。因此，開發商應按規定計算土地增值稅。
5.企業所得稅。國家稅務總局《關于確認企業所得稅收入若干問題的通知》(國稅函〔2008〕875號)第一條(四)項規定，銷售商品以舊換新的，銷售商品應當按照銷售商品收入確認條件確認收入，回收的商品作為購進商品處理。鑒于房地產企業的房屋回遷業務具有特殊性，開發商發生房屋回遷業務進行企業所得稅處理時，等面積回遷部分既要按收入確認條件確認收入，又要按規定歸集開發成本。

二、經濟適用房
根據相關文件規定，開發建設經濟適用房主要有以下幾個方面的稅收優惠政策：以劃撥方式取得土地使用權的，免繳契稅。如果是以出讓方式取得土地使用權的，應按綜合地價4%的稅率繳納契稅。根據《土地增值稅暫行條例》第八條規定，納稅人建造普通標準住宅出售，增值額未超過扣除項目金額20%的，免征土地增值稅。
普通標準住宅的標準各省規定不一樣。《財政部、國家稅務總局關于廉租住房經濟適用住房和住房租賃有關稅收政策的通知》(財稅〔2008〕24號)第一條規定，開發商在經濟適用住房、商品住房項目中配套建造廉租住房，在商品住房項目中配套建造經濟適用住房，如能提供政府部門出具的相關材料，可按廉租住房、經濟適用住房建筑面積占總建筑面積的比例免征開發商應繳納的城鎮土地使用稅。開發商在經濟適用住房、商品住房項目中配套建造廉租住房，在商品住房項目中配套建造經濟適用住房，如能提供政府部門出具的相關材料，可按廉租住房、經濟適用住房建筑面積占總建筑面積的比例免征開發商應繳納的印花稅。《房地產開發經營業務企業所得稅處理辦法》(國稅發〔2009〕31號)第八條規定，屬于經濟適用房、限價房和危改房的，企業銷售未完工開發產品的計稅毛利率，由各省、自治區、直轄市國稅局、地稅局按不低于3%的比例確定。