農村房產證辦理流程主要是依據《房屋登記辦法》的如下規定：
　　第八十二條 依法利用宅基地建造的村民住房和依法利用其他集體所有建設用地建造的房屋，可以依照本辦法的規定申請房屋登記。
　　法律、法規對集體土地范圍內房屋登記另有規定的，從其規定。
　　第八十三條 因合法建造房屋申請房屋所有權初始登記的，應當提交下列材料：
　　(一)登記申請書;
　　(二)申請人的身份證明;
　　(三)宅基地使用權證明或者集體所有建設用地使用權證明;
　　(四)申請登記房屋符合城鄉規劃的證明;
　　(五)房屋測繪報告或者村民住房平面圖;
　　(六)其他必要材料。
　　申請村民住房所有權初始登記的，還應當提交申請人屬于房屋所在地農村集體經濟組織成員的證明。
　　農村集體經濟組織申請房屋所有權初始登記的，還應當提交經村民會議同意或者由村民會議授權經村民代表會議同意的證明材料。
　　第八十四條 辦理村民住房所有權初始登記、農村集體經濟組織所有房屋所有權初始登記，房屋登記機構受理登記申請后，應當將申請登記事項在房屋所在地農村集體經濟組織內進行公告。經公告無異議或者異議不成立的，方可予以登記。
　　第八十五條 發生下列情形之一的，權利人應當在有關法律文件生效或者事實發生后申請房屋所有權變更登記：
　　(一)房屋所有權人的姓名或者名稱變更的;
　　(二)房屋坐落變更的;
　　(三)房屋面積增加或者減少的;
　　(四)同一所有權人分割、合并房屋的;
　　(五)法律、法規規定的其他情形。
　　第八十六條 房屋所有權依法發生轉移，申請房屋所有權轉移登記的，應當提交下列材料：
　　(一)登記申請書;
　　(二)申請人的身份證明;
　　(三)房屋所有權證書;
　　(四)宅基地使用權證明或者集體所有建設用地使用權證明;
　　(五)證明房屋所有權發生轉移的材料;
　　(六)其他必要材料。
　　申請村民住房所有權轉移登記的，還應當提交農村集體經濟組織同意轉移的證明材料。
　　農村集體經濟組織申請房屋所有權轉移登記的，還應當提交經村民會議同意或者由村民會議授權經村民代表會議同意的證明材料。
　　第八十七條 申請農村村民住房所有權轉移登記，受讓人不屬于房屋所在地農村集體經濟組織成員的，除法律、法規另有規定外，房屋登記機構應當不予辦理。
　　第八十八條 依法以鄉鎮、村企業的廠房等建筑物設立抵押，申請抵押權登記的，應當提交下列材料：
　　(一)登記申請書;
　　(二)申請人的身份證明;
　　(三)房屋所有權證書;
　　(四)集體所有建設用地使用權證明;
　　(五)主債權合同和抵押合同;
　　(六)其他必要材料。
　　第八十九條 房屋登記機構對集體土地范圍內的房屋予以登記的，應當在房屋登記簿和房屋權屬證書上注明“集體土地”字樣。
　　第九十條 辦理集體土地范圍內房屋的地役權登記、預告登記、更正登記、異議登記等房屋登記，可以參照適用國有土地范圍內房屋登記的有關規定。