《城市房屋拆遷管理條例》第三十條規定：“拆遷設有抵押的房屋，依照國家有關擔保的法律執行。”按照目前法律規定的拆遷補償的兩種方式，拆遷設有抵押權的房屋具體操作也有不同。 1.抵押房屋拆遷采用貨幣補償的方式操作 如果抵押房屋拆遷，選用了貨幣補償方式，應當先由抵押權人和抵押人協商重新設立抵押權或者先償還債務，使抵押房屋原有的抵押權消失，被拆遷人方能向拆遷人領取補償金;如果抵押人和抵押權人不能訂立新的抵押協議或者不能清償到期債務，拆遷人有權暫不支付拆遷補償金。按照合同法的相關規定，拆遷人和被拆遷人都有及時通知抵押權人的義務。有的地方則有具體規定，對沒有在拆遷期限內與抵押權人重新設立抵押或者清償原債務的，對其補償款由拆遷人交公證機關或房屋拆遷管理部門提存或代保管。 對貨幣補償的抵押房屋拆遷，需要做以上規定，是因為所得的賠償金應屬于抵押財產。根據這條規定，房屋抵押權因房屋被拆遷而消滅，其補償作為抵押財產使抵押權人的合同權益得到保障，擔保的法律意義得到體現。 2.抵押房屋拆遷采用產權調換方式的操作 如果被拆遷人在抵押房屋拆遷時，選用了產權調換方式，其補償操作應注意以下兩點： (1)抵押人和抵押權人應當就產權調換后的房屋作為房屋抵押物而重新簽訂抵押合同。新的抵押合同必須依法成立并登記生效。否則，拆遷人不得與被拆遷人訂立拆遷補償安置協議，即使訂立也因違反擔保法的規定而無效。 (2)抵押權人與抵押人在拆遷期限內達不成新的抵押協議的，該房屋視為產權有爭議的房屋，由拆遷人提出拆遷補償安置方案，報房屋拆遷管理部門審核同意后實施拆遷。拆遷前，房屋拆遷管理部門應當組織拆遷人對被拆遷房屋作勘察記錄，并由拆遷人向公證機關辦理證據保全。 抵押房屋拆除未達成新的抵押協議，一般情況下是被拆遷人方面的原因居多，主要是原抵押合同持有異議。對此，抵押權人應及時提起訴訟，避免債權落空。當然也有被拆遷人主動起訴，要求法院確認原抵押合同無效或撤銷原抵押合同，維護自身之合法權益。 在建工程拆遷糾紛的處理 實踐中，抵押房屋中還有一種十分特殊的情況，就是開發商開發的房屋尚未竣工就遇上拆遷的情況。而在建工程除向銀行貸款作為抵押外，還可能存在拖欠了工程款和已預售的情況，對該種房屋拆遷產生糾紛的處理必須按照《中華人民共和國合同法》第二百八十六條和相應的司法解釋來處理。 《中華人民共和國合同法》第二百八十六條規定：“發包人未按照約定支付價款的，承包人可以催告發包人在合理期限內支付價款。發包人逾期支付的，除按照建設工程的性質不宜折價、拍賣的以外，承包人可以與發包人協議將該工程折價，也可以申請人民法院將該工程拍賣。建設工程的價款就該工程折價或者拍賣的價款優先受償。”對此，最高人民法院亦有相應的司法解釋。在建工程遇上拆遷時，無須折價拍賣，也是按市場估價計算補償金額，但該在建工程的補償款應按下列順序處理： 1.如果該建工程尚欠施工單位的工程款，在拆遷補償時，該補償金，施工單位有優先受償權，而不能給先支付抵押權人或抵押人。 2.如果該在建工程不欠施工單位的工程款，但既已抵押，又已預售。作為購買房屋(在建工程)的購房者，其善意購買的行為受法律保護，如已付清全部或大部分房款后，遇上拆遷，其已付購房款應在拆遷補償金額中優先退還。 3.如果該在建工程既不欠施工單位的工程款，也未向社會發售，那么除非抵押人與抵押權人協商重新設立抵押權，否則該拆遷補償款應優先償還銀行的借款本息。否則拆遷人將與被拆遷人連帶清償原抵押借款的本息。